本病除与地方型斑疹伤寒、复发型斑疹伤寒等鉴别（表1）外，尚需与外寒、恙虫病、麻疹、流行性脑脊髓膜炎（流脑）、回归热、钩端螺旋体病（钩体病）、流行性出血热等区别。伤寒的特殊并发症、血粪培养等；恙虫病的局部焦痂和淋巴结肿大、血清免疫学试验等；麻疹的典型皮疹及粘膜斑等；流脑的脑脊液发现、皮疹涂片等；回归热的热型、腓肠肌压痛、周围血涂片等；钩体病的全身出血倾向、特殊后发症、血清凝溶试验等；流行性出血热的球结膜出血、尿蛋白与发热不成正比、血清免疫学试验等，结合流行病学资料均有助于鉴别。回归热和本病有可能发生于同一患者。在美国，本病尚需与落矶山斑点热相鉴别，后者的皮疹为离心性分布，腹部皮疹很少，且皮疹最先出现在足踝和手腕部。　　表1　流行性斑疹伤寒与地方性斑疹伤寒和复发型斑疹伤寒的区别主要区别点流行性斑疹伤寒地方性斑疹伤寒复发性斑疹伤寒病原普氏立克次体莫氏立克次体普氏立克次体有无流行性斑疹伤寒往史无一般无有流行情况流行性地方性或散发性散发性流行季节冬春夏秋不定传播媒介体虱鼠蚤无病情轻重较重，神经症状明显较轻较轻热程12～18日9～14日7～11日皮疹多，遍及全身，瘀点样较稀，极少呈出血性多数无疹病死率（未受特效治疗者）较高很低很低外斐试验（OX19）强阳性，1∶320～1∶52101∶160～1∶640阴性或低于1∶160补结试验（相应颗粒性抗原）阳性，高峰在病程12～16日，抗体主要为IgM阳性，抗体主要为IgM阴性，高峰在病程8～10日，抗体主要为IgG豚鼠阴囊反应（腹腔接种）轻度阴囊发红阴囊明显红肿，睾丸也有肿大轻度阴囊发红